1. Sezon (2002) 2030 yılında dijital ağ her yere ulaşabiliyordu. Öyle bir duruma gelmişti ki insanların iradesine göre geliştirilmiş, ışık ve elektronlarla tek bir yönde oturtulmuştu. Ancak, bu durumda bile karmaşık anlamda “bireysel” olan “yalnız” kavramını tanımlayamıyordu. Bilgi ağı gün geçtikçe daha çok genişliyor, bu karmaşık yapı içersinde kural ihlalleri ve suçlar artarak devam ediyordu. Bu kaos toplumunda, suçların işlenmeden önce bulunup, ortadan kaldırılması amacıyla özel olarak eğitilmiş personele sahip organizasyon oluşturulmuştur. Bu organizasyon Ulusal Kamu Güvenliği Komisyonuna bağlı 9.Şube, diğer bir adı ile “Stand Alone Complex” dir. 2. Sezon (2004) Yönetmen Kenji Kamiyama ve ekibi, Ghost in the Shell: Stand Alone Complex serisine 26 Bölümlük devam serisi ile devam ediyorlar. Bu ikinci seride Ghost in the Shell ve Ghost in the Shell 2: Innocence filmlerinin yönetmeni Mamoru Oshii de fikirleri ile seriye katkıda bulunmuştur. 9. Şube, mülteciler ve nükleer sorun gibi politik sorunlarla yine uğraşmak durumunda kalıyorlar. Bu sefer diğer bir devlet kurumu olan Bakanlar Kurumu Bilgi Bürosu ile 9.Şube arasında anlaşmazlık hat safahya varırken "Individual Eleven (Bireysel On Bir)" adlı bir terörist grup hikayeye dahil oluyor. Movie: Solid State Society (2006) Yıl MS. 2049. Motoko Kusanagi, 9. Şubeden ayrılalı iki sene olmuştur. Togusa, personel sayısı dikkat çekici boyutta artan takımın yeni lideridir. Genişletilmiş yeni 9. Şube bir dizi karmaşık olayla karşı karşıya kalır ve araştırmalar tüm olayların arkasında Kuklacı adında bir hackerın olduğunu ortaya çıkarır. Bu esnada, dosyayı farklı bir yönde takip eden Batou Motoko ile karşılaşır. Motoko "Solid State Society'den uzak dur" dedikten sonra uzaklaşır. Batou'nun içine Kuklacının Motoko olabileceğine dair bir şüphe düşer. 9. Şubenin yüzleştiyi şaşırtıcı olaylar serisi gitgide ve neredeyse sanatsal bir şekilde birbirine bağlanır. Kuklacı kimdir? Batou'nun Motoko ile ilişkisinin akıbeti nedir? Dikkatlice planlanmış bu kusursuz suçun arkasındaki tam gerçek nedir ve sonuçları ne olacaktır? Sırlar Solid State Society'yi sarmaktadır.