Jin Mikuriya adlı şanssız bir öğrenci, Kannagi ağacından bir heykel yapar ancak heykel, ağacın bekçisi bir Tanrıça formunda canlanır. Ortaya çıkan ''Nagi'' adlı bu kız ve Jin, bir şekilde birlikte çalışarak kasabalarında toplanan kötülükleri yok etmek için mücadele edeceklerdir.