Birdy, Federasyon dedektifiniğin ünlü bireyi olarak görevini sürdürmekte iken, Tsutomu da günlük yaşamının devam ettirebilme çabasındadır. Tsutomu ve Birdy tekrar aynı beden içerisindedirler. Yasadışı bir örgüt göz altından kurtularak, Ryunka ile birlikte dünyaya kaçar. Ryunka''yı tekrar geri alabilmek, kendisini ve dünyada ki uzaylı kimliğini gizleyebilmek için Birdy ile Tsutomi savaşa geri döner. Ama olaya başka güçlerde karışır. Hikayeye eski tanıdık yüzler ve Birdy'' nin geçmişinden olanlarda katılır.